ХААИС нь бүрэлдэхүүний 5 сургууль, орон нутгийн харьяа нэг сургуульд 500-аад багш, судлаач, мэргэжилтэнтэй бөгөөд сургуулиудын дэргэд 27 тэнхим, 29 лаборатори туршилтын бааз бүхий бүрэлдэхүүнтэй ажиллаж байна. 

1. Мал эмнэлэгийн сургууль 

Мал эмнэл зүй хөтөлбөрөөр мэргэжилтэн бэлтгэдэг бөгөөд 44 тэнхим, 11 лабораторид сургалт, судалгаагаа явуулж байна. 

Тэнхим:

• Мал эмнэлгийн суурь шинжлэх ухааны тэнхим
• Халдварт өвчин микробиологийн тэнхим
• Халдваргүй өвчин судлалын тэнхим
• Мал эмнэлгийн нийтийн  эрүүл мэндийн тэнхим

Лаборатори: 

• Эмгэг судлалын лаборатори
• Физиологи, биохимийн лаборатори
• Эм зүй, эмийн үлдэгдлийн лаборатори
• Хор судлалын лаборатори
• Нөхөн үржихүйн биотехнологийн лаборатори
• Дотор өвчний лаборатори
• Мэс ажилбарын лаборатори
• Рентген оношилгооны лаборатори
• Молекул биологийн лаборатори
• Полимеразын гинжин урвалын лаборатори
• Хүнсний аюулгүй байдлын лаборатори

2. Мал аж ахуй биотехнологийн сургууль

Мал аж ахуй биотехнологийн сургууль 80 гаруй багш, ажилтантай “Зооинжинер технологи”, “Мал аж ахуй”, “Хөдөө аж ахуйн биотехнологи”, “Бараа түүхий эд судлал, технологи”, “Хөдөө аж ахуйн бүтээгдэхүүний чанар, эрүүл ахуйн үнэлгээ”, “Хөдөө аж ахуйн бүтээгдэхүүний хими технологи”, “Биологи-агнуур зүйч”, Загас үржүүлгийн технологи” зэрэг 8 мэргэжлийн хөтөлбөрөө бакалавр, магистр, докторын шаталсан сургалтыг өдөр, эчнээ хэлбэрээр явуулж байна. 

Тэнхим: 

• Мал аж ахуйн технологийн тэнхим
• Бэлчээр тэжээллэг, химийн тэнхим
• Биотехнологийн үржүүлгийн тэнхим
• Бүтээгдэхүүн судлал, хяналт үнэлгээний

Лаборатори: 

• Сүү судлалын лаборатори
• Геномиксийн лаборатори
• Амьтны биотехнологийн лаборатори
• Байгал шинжлэл, биохимийн лаборатори
• Тэжээлийн химийн задлан шинжилгээний лаборатори

3. Агроэкологийн сургууль

Агрономи, Газар зохион байгуулалт, Газрын үнэлгээ, Газрын кадастр, зураглал, Ургамал хамгаалал, хорио цээрийн хяналт үнэлгээ, Газар тариалангийн аж ахуй, Хөрс судлал, агрохими, Архитектур, Ойн аж ахуй, Аялал жуулчлал, Экологи, Байгаль ашиглалт, хяналт, үнэлгээ, Байгаль орчны нөхөн сэргээлт, Ургамлын нөөц био үйлдвэрлэл, Усны нөөцийн менежмент зэрэг нийт 15 хөтөлбөрөөр мэргэжилтэн бэлтгэж байна. 

Тэнхим: 

• Газар тариалан, хөрс судлалын тэнхим
• Таримал судлал, ой, ланшафтын архитектурын тэнхим
• Газрын менежментийн тэнхим
• Экологийн тэнхим

Лаборатори: 

• Хөрс - агрохимийн лаборатори
• Ургамлын өвчин судлалын лаборатори
• Хэрэглээний биологийн хамгааллын лаборатори
• Ургамлын стресс, физиологийн лаборатори
• Ургамлын үржүүлгийн лаборатори
• Бэлчээрийн газрын судалгааны лаборатори

4. Инженер технологийн сургууль

Механик инженер, Зохион бүтээх инженер, Хөдөө аж ахуйн инженер механик, Инженер багш, Цахилгаан хангамж, Металл судлал, технологи, Хүнсний инженерчлэл, Гидромеханик, Барилгын инженер, Програм хангамж, Мэдээллийн систем, Хэрэглээний физик, Хэрэглээний математик зэрэг 13 хөтөлбөрөөр боловсон хүчин бэлтгэдэг. 

Тэнхим: 

• Механик инженерийн тэнхим
• Хөдөө аж ахуйн инженерийн тэнхим
• Машин судлалын тэнхим
• Цахилгаан хангамж, электроникийн тэнхим
• Хүнсний  инженерчлэл, гидромеханикийн тэнхим 
• Математик, физик мэдээллийн технологийн тэнхим

Лаборатори: 

• Материал судлалын лаборатори
• Трибологийн лаборатори
• Мехатроникийн лаборатори
• Дотоод шаталтын хөдөлгүүрийн лаборатори
• Түлш, тос, био-технологийн лаборатори

5.Эдийн засаг бизнесийн сургууль

Эдийн засаг, Нягтлан бодох бүртгэл, Менежмент, Маркетинг, Эдийн засаг-статистик, Бизнесийн эдийн засаг, Санхүү, Аялал жуулчлалын маркетинг, Банк гэсэн 9 хөтөлбөрөөр мэргэжилтэн бэлтгэж байна. 

Тэнхим: 

• Менежментийн тэнхим
• Хөдөө аж ахуй, хэрэглээний эдийн засгийн тэнхим
• Нягтлан бодох бүртгэл шинжилгээний тэнхим
• Маркетингийн тэнхим, Санхүүгийн тэнхим
• Эдийн засгийн статистик, математик загварчлалын тэнхим

6. Агроэкологи бизнесийн сургууль

Тэнхим: 

• Агроэкологийн тэнхим
• Инженерийн тэнхим
• Суурь шинжлэх ухааны тэнхим
• Бизнесийн удирдлагын тэнхим

Лаборатори: 

• Ойн лаборатори
• Laboratory of forestry